Organele FDD Moldova sînt următoarele:

1) Consiliul de observatori al Instituţiei reprezintă organul superior de conducere şi supraveghere, ce are statut de organ independent şi de decizie definitivă privind subiectele primordiale ale proiectelor FDD Moldova;

2) Comitetul executiv al Instituţiei reprezintă un organ de decizie independent al Instituţiei, abilitat pentru adoptarea deciziilor definitive pe marginea unui număr limitat de subiecte stabilite în Statut instituției;

3) Unitatea de management a Instituţiei constituie aparatul executiv al Instituţiei şi este responsabilă de managementul zilnic al proiectelor.