Consiliul de observatori reprezintă organul colegial superior al FDD Moldova. Responsabilitățile principale ale acestui for țin de conducerea şi supravegherea funcţionării instituției, stabilirea direcțiilor, adoptarea deciziilor independente şi definitive privind subiectele primordiale pentru implementarea proiectelor și supravegherea activității instituției. 

Componenţa Consiliului de observatori este stabilită de către Guvern. Numărul membrilor cu drept de vot este de 7 persoane, din componența cărora fac parte: 4 reprezentanți ai Guvernului (Cancelaria de Stat, Ministerul Finanţelor, Ministerul Agriculturii şi Industriei Alimentare și Ministerul Mediului) și 3 membri neguvernamentali (reprezentanți ai societății civile și sectorului privat). Funcția de Președinte al Consiliului de observatori este exercitată de către Secretarul general al Guvernului.

Consiliul de observatori exercită sarcinile şi funcţiile stabilite în conformitate cu Statutul FDD Moldova și legislația în vigoare, contribuind la realizarea misiunii acesteia privind implementarea acordurilor proiectelor.

Activitatea Consiliului de observatori se desfăşoară într-o formă transparentă în procesul decizional, prin întocmirea proceselor verbale a ședințelor Consiliului și consemnarea deciziilor adoptate.